大部分肝癌（肝细胞癌）的发病温床是长期的乙型或丙型慢性肝炎，因此，肝癌容易复发。肝癌的治疗要充分考虑其易于复发的特性，不仅要有效地针对肿瘤，还要尽量抑制对病灶周围肝脏的损伤。由于质子治疗的疗效好且对周围肝组织影响小，因此成为针对肝癌的一种良好疗法。
胰腺癌是一种恶性程度很高，诊断和治疗都很困难的消化道恶性肿瘤，约90%为起源于腺管上皮的导管腺癌。其发病率和死亡率近年来明显上升。5年生存率
脂肪肉瘤是成人最常见的软组织肉瘤，也可见于青少年和儿童。脂肪肉瘤通常体积较大，一般为深在性、无痛性、逐渐长大的肿物，最常发生于下肢（如腘窝和*）、腹膜后、肾周、肠系膜区以及肩部。
骨肉瘤并肺转移质子放射治疗病例（骨肉瘤二次术后未控、肺转移）：   患者刘XX，男性，高龄老人，2015年12月因为出现背部疼痛及双下肢无力，就诊于南方某大型知名医疗机构，检查磁共振提示:T2骨质破坏，后方椎管狭窄，并进一步检查PET/CT提示：T2椎体病理
脊索瘤是一少见的、具有局部破坏性的肿瘤，起源于胚胎脊索结构的残余组织，可发生在沿中线骨骼的任何部位，尤以骶尾部及颅底蝶枕部多见。
